IIJmio公式ツイッターにて、iPhone 5s/iPhone 6/iPhone 6 PlusをiOS 12.4.3（2019年9月26日リリース）にアップデートするとタイプAのSIMカードが利用できなくなる場合があると案内しています。
iPhone 5s/iPhone 6/iPhone 6 Plus向けに提供されているiOS12.4.3（セキュリティアップデート）ですが、現在、このバージョンに上げたiPhone 6, iPhone 6 PlusにおいてタイプAのSIMカードがご利用できない場合があることを確認しています（なおiPhone 5sは元々タイプAでは動作不可）。
— IIJmio (@iijmio) November 1, 2019
現時点で詳しい発生原因、回避策、復旧方法や時期等は不明とのこと。アップデートしたユーザに対しては、タイプDへの切り替えの検討を薦めています。
まだアップデートされていない方は、問題が解決するまでアップデートを控えた方がよさそうです。
尚、mineoからは、iOS 12.4.3での動作に問題ないことを確認したと発表されているので、全てのau系MVNOで発生しているということではないようです。